1950ല്‍ കേരള നദ്വത്തുല്‍ മുജാഹിദീന്‍ (കെ എന്‍ എം) രൂപീകരിക്കപ്പെട്ട ശേഷം മദ്റസ രംഗത്ത് കാര്യമായി ഇടപെടാന്‍ തന്നെ സംഘടന തീരുമാനിച്ചു. അന്ന് കേരളത്തിലെ പല ഗ്രാമങ്ങളിലും ഒറ്റപ്പെട്ട മദ്റസകള്‍ നടന്നുവന്നിരുന്നു. അവയ്ക്ക് നിശ്ചിതമായ പാഠ്യപദ്ധതികളുടെ അടിസ്ഥാനത്തില്‍ തയ്യാറാക്കപ്പെട്ട പാഠപുസ്തകങ്ങളോ ശാസ്ത്രീയ രീതിയിലുള്ള മൂല്യ നിര്‍ണയ പ്രക്രിയകളോ ഉണ്‍ണ്ടായിരുന്നില്ല.
മതപഠന രംഗത്തുള്ള ശോച്യാവസ്ഥ പരിഹരിക്കുവാന്‍ 1955 ഒക്ടോബര്‍ 5നു ചേര്‍ന്ന കെ എന്‍ എമ്മിന്‍റെ സംസ്ഥാന ആലോചനസഭ തീരുമാനിച്ചു. നിലവിലുള്ള പ്രശ്നങ്ങളെക്കുറിച്ചും അവ പരിഹരിക്കുന്നതിനുള്ള മാര്‍ഗ്ഗങ്ങളെക്കുറിച്ചും സമഗ്രമായി പഠിച്ച് റിപ്പോര്‍ട്ട് സമര്‍പ്പിക്കാന്‍ ഒരു പത്തംഗസമിതിയെ ചുമതലപ്പെടുത്തി. എന്‍ വി അബ്ദുസ്സലാം മൗലവിയായിരുന്നു പ്രസ്തുത കമ്മിറ്റിയുടെ കണ്‍വീനര്‍. അംഗങ്ങളായി നിശ്ചയിക്കപ്പെട്ടത് എം ശൈഖ് മുഹമ്മദ് മൗലവി, കെ പി മുമ്മഹദ് മൗലവി, ഇ കെ മൗലവി, മുഹമ്മദ് അബുസ്സബാഹ് മൗലവി, മുഹമ്മദ് അമാനി മൗലവി, കെ കെ എം ജമാലുദ്ദീന്‍ മൗലവി, പി വി മുഹമ്മദ് മൗലവി, എം അബ്ദുള്ളക്കുട്ടി മൗലവി, പി പി ഉബൈദുല്ല മൗലവി എന്നിവരായിരുന്നു. ഈ സമിതി പല പ്രാവശ്യം യോഗം ചേര്‍ന്ന് പ്രശ്നങ്ങളെ സംബന്ധിച്ച് കാര്യമായി പഠനം നടത്തി. അവര്‍ ചുരുങ്ങിയ കാലം കൊണ്ടണ്‍് തയ്യാറാക്കിയ റിപ്പോര്‍ട്ട് വളരെ സമഗ്രമായിരുന്നു. എട്ടുവര്‍ഷം നീണ്ടണ്‍ു നില്‍ക്കുന്ന പ്രാഥമിക മദ്റസാ പഠനത്തിന്‍റെ കരിക്കുലം അടങ്ങിയതായിരുന്നു ആ പഠന റിപ്പോര്‍ട്ട്. അതില്‍ ഉള്‍ക്കൊണ്ടണ്‍ കാര്യങ്ങളെക്കുറിച്ച് ചര്‍ച്ച ചെയ്യാന്‍ സബ്കമ്മിറ്റി അംഗങ്ങളും കെ എന്‍ എം ആലോചനാസമിതി അംഗങ്ങളും ഇസ്ലാഹീ ആദര്‍ശപ്രകാരം നടത്തുന്ന മദ്റസകളുടെ മാനേജ്മെന്‍റ് പ്രതിനിധികളും സംയുക്തമായി 1956 മാര്‍ച്ച് 31ന് യോഗം ചേര്‍ന്നു. പ്രസ്തുത കണ്‍വെന്‍ഷനില്‍ വെച്ച് കെ എന്‍ എം വിദ്യാഭ്യാസ ബോര്‍ഡ് രൂപീകരിക്കപ്പെട്ടു. 24 അംഗങ്ങളാണ് അതിലുണ്‍ായിരുന്നത്. 11-6-1956ന് അവര്‍ യോഗം ചേര്‍ന്ന് ബോര്‍ഡിന്‍റെ ചെയര്‍മാനായി മുഹമ്മദ് അമാനി മൗലവിയെ തെരഞ്ഞെടുത്തു.
നിര്‍ദിഷ്ട പാഠ്യപദ്ധതി അനുസരിച്ച് പാഠപുസ്തകങ്ങള്‍ രചിക്കുക എന്നതായിരുന്നു വിദ്യാഭ്യാസ ബോര്‍ഡിന്‍റെ പ്രഥമ ഉത്തരവാദിത്തം. അതിനായി അറബി, അക്വാഇദ്, അഖ്ലാക്വ്, താരീഖ്, ഫിക്വ്ഹ് എന്നീ വിഷയങ്ങള്‍ നിശ്ചയിച്ച് അഞ്ചാം ക്ലാസുവരെയുള്ള പന്ത്ര ണ്ട ണ്‍് പാഠപുസ്തകങ്ങള്‍ ആ വര്‍ഷം തന്നെ തയ്യാറാക്കുകയും അച്ചടിച്ച് വിതരണം ചെയ്യുകയും ചെയ്തു. അറബി മലയാളത്തിലായിരുന്നു പുസ്തങ്ങള്‍ തയ്യാറാക്കിയത്, മദ്റസ വിദ്യാഭ്യാസരംഗത്ത് വലിയ വിപ്ലവത്തിന് അത് കാരണമായി. ആദ്യവര്‍ഷം ബോര്‍ഡിന് കീഴില്‍ 26 മദ്റസകളാണ് അംഗീകാരം നേടിയത്. അന്ന് അവര്‍ ഉണ്ടാക്കിയ പാഠപുസ്തകങ്ങളുടെ മേന്മകൊണ്ടണ്‍് അംഗീകാരം ഇല്ലാത്ത നിരവധി മദ്റസകള്‍ ബോര്‍ഡിന്‍റെ സിലബസ്സും പുസ്തകങ്ങളും അനുസരിച്ച് നടത്തിവന്നിരുന്നു.
പുതിയ പാഠ്യപദ്ധതി അനുസരിച്ച് ബോധനം നടത്താന്‍ അധ്യാപകരെ പ്രാപ്തരാക്കാന്‍ വേണ്ടണ്‍ി പരിശീലന ക്ലാസ്സുകള്‍ നടത്താന്‍ ബോര്‍ഡ് പരിപാടികള്‍ തയ്യാറാക്കി. മൂന്ന് മാസത്തെ പരിശീലന പദ്ധതിയാണ് ആദ്യഘട്ടത്തില്‍ ആസൂത്രണം ചെയ്ത് നടപ്പില്‍ വരുത്തിയത്. 1957 ജനുവരി 31ന് അധ്യാപക ട്രെയ്നിംഗ് ക്ലാസ് വാണിയമ്പലത്ത് വെച്ച് തുടങ്ങി. കെ എന്‍ എം സംസ്ഥാന പ്രസിഡണ്‍് കെ എം മൗലവി അത് ഉദ്ഘാടനം ചെയ്തു.
തുടര്‍ന്ന് കോഴിക്കോട്ടും എടവണ്ണയിലും ട്രെയ്നിംഗ് ക്ലാസുകള്‍ നടന്നു. 1963 ജൂണ്‍ മാസത്തില്‍ അധ്യാപകര്‍ക്ക് മാര്‍ഗ്ഗരേഖയായി അല്‍ ഇര്‍ശാദാത്തുത്തദ്രീസ്സിയ്യ എന്ന പേരില്‍ 'മാതൃകാദ്ധ്യാപകക്കുറിപ്പ് അറബി മലയാളത്തില്‍' പ്രസിദ്ധീകരിച്ചു. പഠിതാവ്, അധ്യാപകര്‍, മൂല്യനിര്‍ണയം, അധ്യാപക പരിശീലനം തുടങ്ങിയവ എങ്ങനെയാവണമെന്ന് അതില്‍ വിവരിച്ചിട്ടുണ്‍ണ്ടായിരുന്നു. ആദ്യവര്‍ഷങ്ങളില്‍ മദ്റസ പരിശോധനകള്‍ നടത്തിയിരുന്നത് ചെയര്‍മാന്‍ മുഹമ്മദ് അമാനി മൗലവിയോ ബോര്‍ഡിലെ മറ്റ് അംഗങ്ങളോ ആയിരുന്നു. കെ കെ എം ജമാലുദ്ദീന്‍ മൗലവിയായിരുന്നു ആദ്യമായി മുഫത്തിശ് തസ്തികയില്‍ നിയമിക്കപ്പെട്ടത്.
മുന്‍ഗാമികള്‍ തുടങ്ങിവച്ച മഹത്തായ ഈ പ്രവര്‍ത്തനങ്ങളില്‍ കാലത്തിനനുസരിച്ച മാറ്റങ്ങള്‍ വീണ്‍ണ്ടും നടക്കുകയുണ്‍ായി. 1970കളോടെ പാഠപുസ്തകങ്ങള്‍ അറബിമലയാളത്തില്‍ നിന്ന് മലയാള ലിപിയിലേക്കു മാറ്റി. അറബി ഭാഷാ പുസ്തകങ്ങള്‍ അല്‍ഖിറാഅത്തുന്നദവിയ്യ എന്ന സീരിസില്‍ പ്രസിദ്ധീകരിച്ചു. അഞ്ചാംതരം വരെ ഉണ്ടണ്‍ായിരുന്ന മദ്റസ പാഠപുസ്തകങ്ങള്‍ ഏഴാം തരം വരെയാക്കി. 2000നു ശേഷം പത്താം തരം വരെ പാഠപുസ്തകങ്ങള്‍ ആയിക്കഴിഞ്ഞു. എഴുപതുകളില്‍ പി ടി മൊയ്തീന്‍കുട്ടി മൗലവി സംഘടനാ ഓര്‍ഗനൈസറും മദ്റസ മുഫത്തത്തിശും ആയി സേവനം ചെയ്ത കാലഘട്ടത്തില്‍ മദ്റസകളെ ഏകീകരിക്കാനും പൊതുസ്വഭാവത്തിലേക്ക് കൊണ്ടുവരാനും സാധിച്ചു. അഞ്ച്, ഏഴ് എന്നീ ക്ലാസുകളിലും പിന്നീട് പത്തിലും പൊതുപരീക്ഷ ഏര്‍പ്പെടുത്തി.
വിവര സാങ്കേതികത പൊതുജീവിതത്തെ വളരെയേറെ സ്വാധീനിക്കത്തവിധം വികാസം പ്രാപിച്ച മാറിയ പരിതസ്ഥിതിയില്‍ മതപഠന സംവിധാനത്തിലും ആവശ്യമായ മാറ്റം വരുത്തേണ്‍തുണ്ടണ്‍്. ഇസ്ലാഹീ പ്രസ്ഥാനത്തിലുണ്‍ണ്ടായ പുനരേകീകരണത്തിന്‍റെ പശ്ചാത്തലത്തില്‍ അതിന് പ്രസക്തി ഏറുകയും ചെയ്തു. മുന്‍ഗാമികള്‍ കാണിച്ചുതന്ന മാതൃക മുറുകെ പിടിച്ച് ഈ പാതയില്‍ ബഹുദൂരം മുന്നേറേണ്ടതുണ്ടണ്‍്. മുഹമ്മദ് അമാനി മൗലവിക്കുശേഷം വിദ്യഭ്യാസ വിചക്ഷണരായ ഡോ.ഇ കെ അഹ്മദ്കുട്ടി, കരുവള്ളി മുഹമ്മദ് മൗലവി മുതലായവര്‍ കെ എന്‍ എം വിദ്യാഭ്യാസ ബോര്‍ഡ് ചെയര്‍മാന്‍ സ്ഥാനത്ത് സേവനം ചെയ്തിട്ടുണ്ടണ്‍്. മഹ്മൂദ് ഹുസൈന്‍ അമാനി, പി കെ അലി അബ്ദുറസാഖ് മദനി, കുഞ്ഞിമുഹമ്മദ് പറപ്പൂര്‍, പി കെ അബ്ദുല്‍ മജീദ് മദനി തുടങ്ങിയവര്‍ വിദ്യാഭ്യാസ ബോര്‍ഡ് സെക്രട്ടറിമാരായും പ്രവര്‍ത്തിച്ചിട്ടുണ്ടണ്‍്. മദ്റസാ പ്രസ്ഥാനം നാട്ടില്‍ ഉണ്ടണ്‍ാക്കിയ മാറ്റങ്ങള്‍ വലിയതായിരുന്നു. പരിശുദ്ധ ദീനുല്‍ ഇസ്ലാമിന്‍റെ ആശയാദര്‍ശങ്ങള്‍ ഖുര്‍ആനിന്‍റെയും നബിചര്യയുടെയും അടിസ്ഥാനത്തില്‍ പഠിക്കാനുള്ള അവസരം എല്ലാവര്‍ക്കും ലഭ്യമായി. മദ്റസ സമ്പ്രദായത്തെ എതിര്‍ത്തിരുന്ന വിഭാഗം കൂടി അതിന്‍റെ ഗുണഫലം അനുഭവിച്ചു. കേരളത്തില്‍ ദീനീപഠനം സാര്‍വത്രികമായിത്തീര്‍ന്നതിന്‍റെ മുഖ്യ കാരണം മദ്റസ പ്രസ്ഥാനത്തിന്‍റെ വ്യാപനം തന്നെയാണ്.